Факультет гражданского и транспортного машиностроения был создан 1 января 2020 года в результате объединения факультета гражданского и экологического машиностроения и факультета транспортного машиностроения.
Создание нового факультета стало результатом внедрения Закона о высшем образовании и науке от 20 июля 2018 года, который вызвал организационные изменения в Познаньском техническом университете, заключающиеся в создании факультетов в рамках одной дисциплины. Подразделения, из которых был создан факультет, датируются 1945 годом, когда начала свою работу Высшая инженерная школа. В 1953 году были созданы инженерно-строительный факультет и факультет механизации сельского хозяйства. На последующих этапах развития Познаньского технического университета оба вышеупомянутых факультета неоднократно меняли свое название в связи с изменением их компетенций. В 1956 году факультет строительной инженерии сменил свое название на факультет гражданского строительства, в 1993 году - на факультет гражданского строительства, архитектуры и экологической инженерии, а в 2007 году - на факультет гражданского и экологического строительства.
В 1967 году факультет механизации сельского хозяйства сменил название на факультет машин и транспортных средств, в 2003 году - на факультет машин и транспорта, а в 2018 году - на факультет транспортной инженерии. В настоящее время на факультете гражданского и транспортного машиностроения насчитывается шесть институтов: Институт структурного анализа, Институт строительной инженерии, Институт гражданского строительства, Институт машин и транспортных средств, Институт двигателей внутреннего сгорания и силовых агрегатов и Институт транспорта. Факультет гражданского и транспортного машиностроения является самым многочисленным по количеству дисциплин в Познаньском техническом университете.